憨山大师还归山寺之后，就刺破自己的肌肤，用自己的鲜血来抄写《华严经》。他一边抄写，一边诵念；而且当有人来和他参究经义时，他也不废应对。真是口诵而手书，泾渭分明。住在他的僧房隔壁的僧侣们见了，无不感惊讶，就前来诘难，可最终，却又无不是心服口服，赞叹而去。
憨山大师曾经梦见自己登上了弥勒楼阁，听见弥勒佛说法道：“分别是识，无分别是智；依识染，依智净；染有生死，净无诸佛。”从此以后，他对于识与智的区分，便一目了然。
憨山大师又曾与妙峰和尚等人一齐在五台山搭建为皇帝祈祷子嗣的祈储道场。不多久，明光宗朱常洛应期而诞，足见佛法灵验，应试不爽。
这之后，憨山大师就远远地避居东海上的牢山（今山东青岛崂山）。慈圣皇太后命令龙华寺僧侣瑞庵到处寻觅，最后终于把他找到了。慈圣皇太后又派遣使者再去征求，憨山大师却依然拒不赴命。慈圣皇太后就赏赐给他内库纯金三千金，憨山大师也不接受，坚决推辞。使者见状，大感为难，不敢回宫复命。憨山大师就对他说：“古代不是有矫诏赈饥的旧例吗？现在，山东地带雨水不调，粮食歉收，人民无以为生，你正好借慈圣皇太后的名义，就近赈济饥民，不正是一件功德无量的大好事吗？”使者如言做了，人民感恩戴德；慈圣皇太后闻报之后，更是感念不已，就率领整座宫殿内的妃嫔婕嫱，布舍黄金白银，捐赠给憨山大师，在牢山之上建造了一座金碧辉煌、佛容庄重的寺庙，并赏赐扁额，叫“海印寺”。
这样，憨山大师不得不从东海出发，北上京师，向慈圣皇太后谢恩，同时又为报恩寺请藏。好几天晚上，寺中宝塔都放射出熠熠金光，照耀周围；尤其是近取佛经的那天晚上，这金光更是闪亮，而且，那形状就像是一座金碧辉煌的浮桥。
憨山大师回到牢山，又考虑到报恩寺没有完全建设好，就向慈圣皇太后请求，愿意将自己和寺庙中僧侣们的供奉膳馐每天减免百金，这样，累计时日，十年之后，便能重新完整地修复报恩寺，了却自己多年的耿耿心愿！
慈圣皇太后答应了他。
可就在这时，道教门徒诬陷憨山大师的灾难发生了！
原来，憨山大师在牢山居止了十三年，住持海印寺，讲说佛法，以致东海附近的人们，争相前去听讲，甚至皈依三宝。可是，道士们却因此而假借憨山大师侵占道教观宇为理由，飞章京师，诬奏圣上。明神宗传布圣旨，下令将憨山大师逮捕入狱。
就在这场变故发生之前，因为慈圣皇太后特别崇信佛教，四方派遣使臣，寻罗宝典，探访高僧；致使有些地方不胜烦苦，上奏帝命，反映情况，皇帝对此却不闻不问。但时间一久，人数一多，这件事情渐渐地便被朝廷中有些大臣们闻听到了。他们为了纠正这种现象，就有意处理此事。这样，憨山大师便因此而受到株连。
慈圣皇太后前后赏赐的内库黄金，足可以数十万来计算。职有专司为了弄清这些钱财的去处，便对憨山大师施以酷刑，备至拷掠，但憨山大师却一无所言。而等到他们鞭打完了，他却又镇定自如，从容斥问：“你们想要诬陷我，使我低头认罪，这是很容易的事情。只是，我想问问你们，你们制造成了这一冤狱，却把慈圣皇太后置于何处？你们所要查询的几十万两黄金，对于官府与皇宫来说，不过是九牛一毛、锱铢小数而已。当今圣上以纯孝而著称于世，人们有口皆碑。我想，皇帝他不会因为这锱铢小数目的一点点金钱就伤害慈圣皇太后的心。这个冤狱逼成之后，皇帝他一定很害怕，无以报谢皇太后，皇帝他自己又将置身何处？！”
审问官员一听，无不相对吐舌，面面相觑，不知道如何结案，就草草地具结，只在案卷上列出赈饥所用的三千金确与内库账册可考稽云云，就算将这场官司了结了。
但是，憨山大师却到底没有逃过这场劫难。他虽然在内库金银案上过了关，却最终还是被官府以“私造寺院”的罪名流放雷州（今广东海康县）。
真可大师（即紫柏老人）听说之后，就想奔走朝廷，替他申诉冤情。二人在长江上相遇了，憨山大师劝阻真可大师说：“这是皇帝的命令，谁又能够违抗得了？！”于是他就写了一篇《逐客说》，两人便分别了。
憨山大师向南翻越过五岭（ 在今湖南与广东交界处） ，进入曹溪（在今广东曲江县东南），来到五羊（今广东广州市）。他一身粗布衣裳，拜见了住广东的守军帅将，便编伍到雷州。
就在这一年，广东发生了大疾疫，死人之多，仿佛发生了一场大战争，尸首遍地，互相枕籍。憨山大师虽然身充役犯，却不忘自己的佛门弟子身份，慈悲为怀，带领大家将这些尸首一一掩埋地下。紧接着，他又亲自登坛，作广荐法会，超度死者亡魂。
广东的参政长官周鼎石看见憨山大师慈悲心性，而又佛法高迈，就率领莘莘学子前来叩拜，大有收获，叹服不已。当地的文秀之士冯昌历等人听说之后，也一齐前来皈依。憨山大师就在壁磊之间，构建了一间禅室，因陋就简，向大家演说《法华经》，感动了上天，瑞应四应：宝塔婆裟，华藏涌现，人们见所未见，无不在惊讶之余又深加钦服。
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