憨山大师在广东一呆就是五年时间。在这段时间里,他曾经住持曹溪名刹宝林寺,宣扬禅宗,主张禅宗与华严宗融合,释、道、儒三教一致。而且,他还替寺庙收回了被人侵占了的田产,极力护寺弘法,以致屠门酒舍,蔚为宝坊;僧俗人等,齐来朝拜。这样一直到明神宗万历丙午(公元1606年)方始遇赦,他便辞别宝林寺,一路颠踣,风尘仆仆,北还中原。
万历葵丑(公元1613年),憨山大师游方来到南岳衡山上,礼拜八十八祖道影。第二年,他终于又回到湖东。慈圣皇太后派遣使者将他召入宫中相见,彼此不禁大为感慨,涕泣泗流。皇太后还给他僧衣度牒。这样,被削去僧籍、流放雷州的憨山大师,终于又得以回归僧侣名册之中。
又过了两年时间,憨山大师感念早已圆寂的紫柏大师,就来到双径山,为被冤狱囚没的紫柏大师举行盛大的迁葬典礼,并一并祭奠。随后,为了规劝吴越(今江苏、浙江一带)地方的习禅之人的一些流病,憨山大师又特地写作了一首《担版歌》,借以凭吊莲池大师,并将莲池大师的密行发扬光大,明示学佛求法之人。
离开吴越繁华之地,憨山大师便沿江西行,来到风景秀丽、闻名遐迩的庐山(在江西九江市),并在五乳峰下构筑佛庵,效仿远公六时刻漏,一心一意,专门修研净土佛法,在这时,他作了一首偈子道:
但观一句弥陀佛,念念心中尝不断;
若能念念最分明,即与弥陀亲相见;
只想净土在目前,日用头头无缺欠;
佛土全收一句中,便是往生异方便;
只在了了分明时,不可更起差别见。
在庐山居停、修炼了四年之后,憨山大师又再次南下广东,来到昔日故地曹溪宝林寺。到了明熹宗天启三年(公元1623年)十月十一日 ,憨山大师告别了热爱和敬仰的僧俗人众,冥然西归佛国净土。
就在这时候,一直汤汤流泻的曹溪水,突然全不见了踪影,溪流为之干涸;而寺宇周围数里,但听得百鸟哀鸣,频送凄凉。到了晚上,更是有金色光照冲天而起,使得墨如漆黑的暗夜,突然之间,竟然恍如白昼……
憨山大师的遗体在寺宇中停放了三天之后,方始送入佛龛之中。但即使是此时,人们走拢了去仔细看,发现大师的容颜一如活着的时候,丝毫不见两样;而毛发髭须,也依然在一如既往地生长;在大师的鼻尖上,分明还冒出些许汗珠!再抚摸一下他的尸身与四肢,温软柔腻,就像棉花一样,全然不像已经圆化了几天的样子……
憨山大师世寿七十八岁高龄,而僧腊则长达五十九年。他的著述很多,其中包括:《楞伽笔记》、《华严纲要》、《楞严悬镜》、《法华击节》、《楞严经通义》、《法华经通义》、《起信唯识解》;以及《观老庄影响论》、《道德经解》、《大学中庸直指》、《春秋左氏传心法》和《梦游集》若干卷,一起流行在世上。
憨山大师的得法弟子很多。据《梦游集》记载,当年跟随大师在狱中,随侍左右的,是福善和尚;自始至终,跟随他流放广东的,有善与、通炯、超逸、通岸诸人;当大师圆化之后,将他的尸身送归庐山五乳峰下法云寺,将他的爪发遗留在曹溪宝林寺,并在大师僧塔题写铭文的,则是他的另外两名大弟子:安徽舒州(今安庆市)的吴应宾和常熟的钱谦益。另外,为大师作传,并题写碑记的,是会稽(今浙江绍兴县)人陆梦龙,而另外还有一位刘起相,则是记述大师灵龛还归曹溪宝林寺供奉始末的人。